Sơ đồ bài viết
Trong quản trị doanh nghiệp, rủi ro pháp lý về thuế thường được ví như một “trận địa ngầm”. Các sai sót không phát lộ ngay lập tức mà thường tích tụ qua nhiều năm, chỉ khi cơ quan thuế thực hiện thanh tra, quyết toán, các con số truy thu và phạt mới bùng phát, có thể làm tê liệt dòng tiền của ngay cả những doanh nghiệp lớn. Bài viết dưới đây của phapche.edu sẽ phân tích về những rủi ro pháp lý về thuế mà doanh nghiệp cần đặc biệt lưu ý, mời các bạn cùng theo dõi
Rủi ro pháp lý về thuế mà doanh nghiệp cần đặc biệt lưu ý
Bước sang năm 2026, khi hệ thống quản lý thuế thông minh (Tax Management System – TMS) và AI được áp dụng triệt để, khả năng phát hiện sai lệch của cơ quan thuế đã đạt đến mức độ tự động hóa gần như tuyệt đối. Bài viết này sẽ phân tích 7 nhóm rủi ro trọng yếu mà các chủ doanh nghiệp và kế toán trưởng cần đặc biệt lưu tâm.
Rủi ro từ sự bất đối xứng thông tin và chậm cập nhật luật định
Hệ thống văn bản pháp luật thuế tại Việt Nam có đặc điểm là tính tầng nấc (Luật – Nghị định – Thông tư – Công văn hướng dẫn).
Nhiều doanh nghiệp vẫn áp dụng các quy định từ năm 2023, 2024 cho các giao dịch phát sinh trong năm 2025-2026. Chẳng hạn, sự thay đổi về chính sách giảm thuế GTGT (từ 10% xuống 8%) thường chỉ có hiệu lực theo từng giai đoạn ngắn hạn. Nếu kế toán không cập nhật đúng thời điểm kết thúc chính sách, việc xuất hóa đơn sai thuế suất sẽ dẫn đến rủi ro bị loại thuế đầu vào của đối tác và bị phạt chậm nộp của doanh nghiệp mình.
Rủi ro từ việc hiểu sai bản chất văn bản hướng dẫn
Văn bản của cơ quan thuế địa phương thường chỉ có giá trị áp dụng cho một trường hợp cụ thể. Việc doanh nghiệp tự ý áp dụng “rập khuôn” công văn của đơn vị khác vào tình huống của mình là một sai lầm phổ biến. Khi thanh tra, cơ quan thuế hoàn toàn có quyền bác bỏ cách hiểu này nếu bản chất giao dịch thực tế có sự khác biệt.
Rủi ro về Hóa đơn điện tử
Hóa đơn là linh hồn của kế toán thuế. Với sự phổ cập của hóa đơn điện tử (HĐĐT), rủi ro không còn nằm ở việc mất mát hóa đơn mà nằm ở tính hợp pháp của doanh nghiệp xuất hóa đơn.
Cơ quan thuế hiện đang triển khai “Bản đồ số hộ kinh doanh” và hệ thống cảnh báo rủi ro hóa đơn tự động. Nếu doanh nghiệp mua hàng của một nhà cung cấp (F1), mà nhà cung cấp đó lại mua hàng của một doanh nghiệp “ma” (F2), thì toàn bộ chuỗi hóa đơn này có thể bị đưa vào diện nghi vấn.
Hậu quả: Doanh nghiệp phải chứng minh giao dịch có thật (với đủ phiếu nhập kho, biên bản giao nhận, chứng từ thanh toán ngân hàng). Nếu không chứng minh được, toàn bộ chi phí sẽ bị loại khỏi thuế TNDN và tiền thuế GTGT bị truy thu kèm phạt 1-3 lần.
Một lỗi kinh điển là ngày lập hóa đơn (Date) và ngày ký số (Digital Signature) không trùng nhau. Theo Nghị định 123/2020/NĐ-CP, việc lệch ngày này có thể dẫn đến việc hóa đơn bị coi là không hợp lệ để khấu trừ thuế trong kỳ, gây xáo trộn hoàn toàn bảng cân đối kế toán.
Rủi ro trong lĩnh vực thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN)
Đây là nơi “ngốn” nhiều tiền phạt nhất của doanh nghiệp. Rủi ro chủ yếu đến từ việc xác định các khoản chi phí được trừ và không được trừ.
Chi phí lãi vay và rủi ro từ Nghị định 132: Đối với các doanh nghiệp có giao dịch liên kết, chi phí lãi vay bị khống chế ở mức 30% EBITDA. Tuy nhiên, nhiều doanh nghiệp vẫn chưa nắm rõ cách xác định “bên có quan hệ liên kết”. Chẳng hạn, chỉ cần một cá nhân điều hành cả hai công ty hoặc cho mượn vốn trên 25% vốn góp cũng đủ để xác lập quan hệ liên kết.
Rủi ro: Chi phí lãi vay thực tế rất lớn nhưng không được trừ, dẫn đến số thuế TNDN phải nộp tăng vọt một cách bất ngờ.
Chi phí không tương ứng với doanh thu: Cơ quan thuế thường xoáy sâu vào các khoản chi phí “bất thường” như: Chi phí quảng cáo quá cao so với doanh thu, chi phí tư vấn không có sản phẩm đầu ra cụ thể, hoặc các khoản chiết khấu thương mại không được quy định trong hợp đồng kinh tế.
Rủi ro về Thuế thu nhập cá nhân (TNCN) và Bảo hiểm xã hội
Trong năm 2026, sự kết nối dữ liệu giữa Bộ Lao động – Thương binh và Xã hội với Tổng cục Thuế sẽ đạt mức hoàn thiện cao nhất.
Để giảm chi phí bảo hiểm, nhiều doanh nghiệp ký “Hợp đồng khoán việc” hoặc “Hợp đồng dịch vụ” với cá nhân thay vì Hợp đồng lao động. Nếu công việc có tính chất thường xuyên, có sự quản lý, giám sát và trả lương định kỳ, cơ quan thuế sẽ ấn định đây là HĐLĐ. Khi đó, doanh nghiệp bị truy thu: 100% số tiền bảo hiểm chưa nộp. Thuế TNCN theo biểu lũy tiến từng phần (thay vì 10% toàn phần). Tiền phạt chậm nộp 0.03%/ngày.
Quyết toán thuế TNCN cho người nước ngoài: Đối với các chuyên gia nước ngoài, việc xác định trạng thái “Cá nhân cư trú” hay “Cá nhân không cư trú” cực kỳ phức tạp. Chỉ cần tính sai số ngày có mặt tại Việt Nam (ngưỡng 183 ngày), mức thuế suất sẽ nhảy từ 20% (phẳng) sang lũy tiến đến 35% hoặc ngược lại, dẫn đến sai sót nghiêm trọng trong báo cáo quyết toán năm.
Rủi ro về Giá chuyển nhượng: Không còn là câu chuyện riêng của các tập đoàn đa quốc gia, hiện nay các doanh nghiệp nội địa có nhiều công ty con cũng nằm trong tầm ngắm.
Dấu hiệu rủi ro: Doanh nghiệp có kết quả kinh doanh lỗ nhiều năm liên tục nhưng vẫn mở rộng sản xuất kinh doanh; doanh nghiệp có tỉ suất lợi nhuận thấp hơn nhiều so với trung bình ngành.
Yêu cầu pháp lý: Việc thiếu hồ sơ xác định giá giao dịch liên kết sẽ khiến doanh nghiệp bị cơ quan thuế ấn định giá bán hoặc giá mua, thường là mức bất lợi nhất cho doanh nghiệp.
Rủi ro đối với các mô hình kinh doanh mới và Thương mại điện tử
Đến năm 2026, các quy định về thuế đối với kinh doanh trên nền tảng số (TikTok Shop, Shopee, Facebook…) đã đi vào chiều sâu.
Ngân hàng thương mại bắt buộc phải cung cấp dữ liệu dòng tiền của các tài khoản có dấu hiệu kinh doanh cho cơ quan thuế.
Các doanh nghiệp kinh doanh online thường bỏ sót việc kê khai doanh thu từ các tài khoản cá nhân của chủ doanh nghiệp. Đây bị coi là hành vi trốn thuế và có thể bị xử lý hình sự nếu số tiền trốn thuế đạt ngưỡng quy định tại Bộ luật Hình sự.
Các biện pháp cưỡng chế và xử phạt khi có vi phạm
Khi rủi ro pháp lý trở thành hiện thực, doanh nghiệp sẽ phải đối mặt với các hình thức cưỡng chế theo Luật Quản lý thuế:
Trích tiền từ tài khoản: Cơ quan thuế có quyền yêu cầu ngân hàng phong tỏa và trích tiền trực tiếp từ tài khoản doanh nghiệp.
Dừng sử dụng hóa đơn: Đây là “án tử” đối với doanh nghiệp vì không thể bán hàng, không thể ghi nhận doanh thu.
Hoãn xuất cảnh: Người đại diện theo pháp luật của doanh nghiệp nợ thuế sẽ bị tạm hoãn xuất cảnh, gây ảnh hưởng nghiêm trọng đến uy tín và việc điều hành.
Xử lý hình sự: Theo Điều 200 Bộ luật Hình sự, hành vi trốn thuế từ 100 triệu đồng trở lên đã có thể bị truy cứu trách nhiệm hình sự.
Chiến lược quản trị rủi ro thuế bền vững
Để giảm thiểu các rủi ro nêu trên, doanh nghiệp cần thực hiện các bước sau:
Áp dụng công nghệ vào kế toán Thuế
Thay vì ghi chép thủ công, doanh nghiệp cần sử dụng các hệ thống ERP hoặc phần mềm kế toán có tính năng tự động đối soát với cơ quan thuế. Việc này giúp phát hiện sớm các hóa đơn của doanh nghiệp bỏ trốn hoặc hóa đơn bị hủy/thay thế mà bên mua chưa biết.
Xây dựng văn hóa “Tuân thủ thuế”
Ban lãnh đạo cần thay đổi tư duy từ “Tìm cách trốn thuế” sang “Tối ưu hóa thuế hợp pháp”. Sử dụng các ưu đãi đầu tư, ưu đãi ngành nghề, hoặc các khoản chi phí được trừ một cách khôn ngoan thay vì sử dụng hóa đơn bất hợp pháp.
Thực hiện rà soát thuế định kỳ
Mỗi 6 tháng hoặc 1 năm, doanh nghiệp nên có một đợt rà soát tổng thể hồ sơ thuế để sớm phát hiện những lỗi hệ thống (ví dụ: cài đặt sai công thức tính thuế trên phần mềm) để điều chỉnh kịp thời trước khi cơ quan thuế vào cuộc.
Thiết lập mối quan hệ minh bạch với cơ quan thuế
Khi có những nghiệp vụ mới, phức tạp chưa có quy định rõ ràng, doanh nghiệp nên chủ động gửi văn bản hỏi (Công văn) lên cơ quan thuế quản lý trực tiếp. Câu trả lời bằng văn bản của cơ quan thuế chính là “lá bùa hộ mệnh” an toàn nhất cho doanh nghiệp sau này.
Rủi ro pháp lý về thuế năm 2026 mang tính công nghệ và hệ thống cao hơn bao giờ hết. Sự minh bạch không còn là lựa chọn, mà là yêu cầu bắt buộc để tồn tại. Một sai lầm nhỏ trong hóa đơn hoặc một chút chậm trễ trong cập nhật thông tư mới cũng có thể dẫn đến những thiệt hại tài chính không đáng có.
Đầu tư vào đội ngũ kế toán am hiểu pháp luật và các đơn vị tư vấn luật uy tín chính là khoản đầu tư rẻ nhất để bảo vệ lợi nhuận và uy tín của doanh nghiệp trên thương trường. Nếu bạn lag kế toán và đang tìm hiểu khoá học về pháp lý thuế, hãy tham khảo ngay khóa học thực hành kế toán hoặc khóa học pháp chế đa nhiệm cho kế toán của Học viện Pháp chế ICA, nơi bạn sẽ được cung cấp những kiến thức thực tế về pháp lý cho công việc kế toán
Mời bạn xem thêm:
