Các lỗi kế toán doanh nghiệp dễ bị truy thu và phạt thuế nhất hiện nay

Trong bối cảnh công nghệ quản lý thuế ngày càng hiện đại, cơ quan thuế đã áp dụng AI và Big Data để đối soát dữ liệu tự động. Chỉ một sự chênh lệch nhỏ trong hồ sơ khai thuế cũng có thể kích hoạt hệ thống cảnh báo rủi ro. Chính vì vậy, các lỗi kế toán doanh nghiệp dễ bị truy thu và phạt thuế nhất hiện nay đang trở thành nỗi ám ảnh của nhiều chủ doanh nghiệp và bộ phận kế toán.

Việc bị truy thu không chỉ gây thiệt hại lớn về tài chính (tiền thuế, tiền phạt vi phạm, tiền chậm nộp) mà còn ảnh hưởng nghiêm trọng đến uy tín và pháp lý của doanh nghiệp. Bài viết dưới đây của Pháp chế ICA sẽ vạch trần những “lỗ hổng” chết người mà kế toán thường mắc phải để bạn chủ động phòng tránh.

Lỗi về hóa đơn – Nguyên nhân hàng đầu bị phạt thuế

Hóa đơn điện tử (HĐĐT) đã phủ sóng toàn diện, giúp cơ quan thuế phát hiện sai phạm nhanh chóng hơn bao giờ hết.

Không xuất hóa đơn hoặc xuất hóa đơn không đúng thời điểm

Đây là lỗi sơ đẳng nhưng phổ biến nhất.

  • Lỗi: Kế toán thường đợi đến cuối tháng mới xuất hóa đơn tổng hợp thay vì xuất ngay khi chuyển giao quyền sở hữu hoặc hoàn thành dịch vụ. Hoặc tệ hơn là không xuất hóa đơn cho khách lẻ không lấy hóa đơn.
  • Hậu quả: Bị phạt hành chính về hành vi sử dụng hóa đơn (mức phạt rất cao), bị ấn định doanh thu và truy thu thuế GTGT, TNDN tương ứng.

Sử dụng hóa đơn không hợp pháp

Rủi ro lớn nhất năm 2025-2026 là việc doanh nghiệp dính líu đến các công ty “ma”.

  • Lỗi: Mua hóa đơn để hợp thức hóa chi phí đầu vào, hoặc vô tình nhận hóa đơn từ doanh nghiệp đã ngừng hoạt động/bỏ trốn.
  • Hậu quả: Toàn bộ chi phí đầu vào bị loại, không được khấu trừ thuế GTGT, và có nguy cơ bị chuyển hồ sơ sang cơ quan công an điều tra tội trốn thuế.

Xử lý sai hóa đơn điều chỉnh, thay thế

  • Lỗi: Khi phát hiện sai sót, kế toán thực hiện hủy/điều chỉnh không đúng quy trình hướng dẫn tại Nghị định 123, hoặc quên kê khai điều chỉnh trên tờ khai thuế.
  • Hậu quả: Dữ liệu hóa đơn và tờ khai không khớp, dẫn đến bị giải trình và xử phạt vi phạm hành chính.

Lỗi khấu trừ và hoàn thuế GTGT

Khấu trừ thuế GTGT đầu vào không đủ điều kiện

Nhiều kế toán mặc định cứ có hóa đơn đỏ là được khấu trừ.

  • Thực tế: Hóa đơn phải hợp lệ, phục vụ sản xuất kinh doanh chịu thuế. Đặc biệt, lỗi phổ biến là thanh toán bằng tiền mặt cho các hóa đơn (hoặc tổng các hóa đơn trong ngày) vượt ngưỡng quy định (ví dụ: trên 20 triệu hoặc trên 5 triệu theo quy định mới 2026 nếu áp dụng).

Kê khai sai thuế GTGT

  • Lỗi: Áp sai thuế suất (nhầm lẫn giữa 8% và 10% trong các giai đoạn giảm thuế), hoặc phân bổ sai thuế GTGT dùng chung cho hoạt động chịu thuế và không chịu thuế.
  • Hậu quả: Bị truy thu số thuế khấu trừ thừa và phạt hành vi kê khai sai (20% số thuế thiếu).

Sai sót khi lập hồ sơ hoàn thuế GTGT

Doanh nghiệp thường nóng vội xin hoàn thuế khi hồ sơ chưa “sạch”. Các lỗi như bảng kê không khớp hóa đơn, thiếu chứng từ thanh toán qua ngân hàng khiến hồ sơ bị trả về, kéo dài thời gian và tăng rủi ro bị thanh tra toàn diện trước hoàn.

Các lỗi kế toán doanh nghiệp dễ bị truy thu và phạt thuế nhất hiện nay
Các lỗi kế toán doanh nghiệp dễ bị truy thu và phạt thuế nhất hiện nay

Lỗi về chi phí khi quyết toán thuế TNDN

Hạch toán chi phí không liên quan đến hoạt động SXKD

Cơ quan thuế rất nhạy cảm với các khoản chi mang tính cá nhân.

  • Ví dụ: Chi phí đi du lịch của gia đình giám đốc, chi phí sửa chữa xe ô tô đứng tên cá nhân, chi phí tiếp khách không có định mức cụ thể… Tất cả sẽ bị bóc tách khi quyết toán.

Chi phí không đủ hóa đơn, chứng từ

  • Lỗi: Mua hàng trôi nổi không có hóa đơn, tự chế bảng kê thu mua không đúng mẫu quy định, hoặc thiếu biên bản bàn giao, nghiệm thu đi kèm hóa đơn.

Thanh toán tiền mặt sai quy định

Như đã đề cập, việc chia nhỏ hóa đơn để né quy định thanh toán không dùng tiền mặt là “chiêu trò” đã lỗi thời. Hệ thống thuế dễ dàng cộng gộp các giao dịch trong ngày cùng một nhà cung cấp để loại trừ chi phí này.

Lỗi ghi nhận doanh thu – chi phí không đúng kỳ

Ghi nhận thiếu doanh thu

Đặc biệt với các doanh nghiệp bán lẻ, nhà hàng. Việc thu tiền mặt hoặc chuyển khoản vào tài khoản cá nhân sếp mà không xuất hóa đơn là hành vi trốn thuế nghiêm trọng.

Ghi nhận chi phí không đúng kỳ

  • Lỗi: Doanh thu ghi nhận năm nay nhưng chi phí lại trích trước quá mức hoặc dồn chi phí của năm sau vào để giảm lãi.
  • Hậu quả: Bị ấn định lại lợi nhuận tính thuế và truy thu thuế TNDN.

Lỗi liên quan đến tiền lương, bảo hiểm và thuế TNCN

Hạch toán chi phí lương không đúng quy định

Chi lương cho người lao động nhưng thiếu Hợp đồng lao động, thiếu quy chế lương thưởng hoặc bảng chấm công không khớp thực tế.

Sai sót về bảo hiểm xã hội (BHXH)

Lỗi kinh điển: Mức lương đóng BHXH thấp hơn nhiều so với tổng thu nhập chịu thuế TNCN mà không giải trình được các khoản phụ cấp không đóng bảo hiểm hợp lý.

Kê khai, khấu trừ thuế TNCN sai

Quên khấu trừ 10% đối với lao động thời vụ/thử việc, hoặc đăng ký giảm trừ gia cảnh cho người đã hết độ tuổi/không đủ điều kiện phụ thuộc.

Lỗi kế toán trong doanh nghiệp thương mại điện tử (TMĐT)

Năm 2026 là năm “tổng tấn công” thuế TMĐT.

  • Lỗi: Doanh thu trên báo cáo tài chính thấp hơn doanh thu thực tế mà các sàn (Shopee, TikTok Shop, Lazada) báo cáo về Tổng cục Thuế.
  • Lỗi: Không hạch toán đúng các khoản phí sàn, phí vận chuyển, dẫn đến sai lệch nghĩa vụ thuế.

Lỗi lưu trữ sổ sách, chứng từ kế toán

Nhiều doanh nghiệp bị phạt oan chỉ vì mất chứng từ.

Lỗi: Không lưu trữ file XML của hóa đơn điện tử (chỉ lưu file PDF), mất hợp đồng gốc, sổ sách in ra không có chữ ký đầy đủ. Khi thanh tra đến, không có bằng chứng để bảo vệ số liệu đã kê khai.

Lỗi do không cập nhật quy định pháp luật thuế mới

Luật thuế thay đổi chóng mặt. Việc kế toán áp dụng một Thông tư đã hết hiệu lực, hoặc không biết đến các Nghị định mới về ưu đãi thuế/chi phí được trừ (như Nghị định 320/2025) là nguyên nhân sâu xa dẫn đến hàng loạt sai phạm hệ thống.

Kế toán và doanh nghiệp cần làm gì để tránh bị truy thu và phạt thuế?

Để không trở thành nạn nhân của những sai sót trên, doanh nghiệp cần:

  1. Rà soát định kỳ: Tự kiểm tra sổ sách hàng tháng/quý thay vì đợi đến cuối năm.
  2. Chuẩn hóa quy trình: Thiết lập quy trình mua hàng – thanh toán – xuất hóa đơn chặt chẽ.
  3. Đầu tư cho con người: Kế toán cần được đào tạo liên tục để nâng cao trình độ.

Tổng kết lại, các lỗi kế toán doanh nghiệp dễ bị truy thu và phạt thuế nhất hiện nay thường xuất phát từ sự chủ quan trong quản lý hóa đơn, chứng từ và sự thiếu hụt kiến thức pháp lý cập nhật. Trong bối cảnh thanh tra thuế ngày càng minh bạch và chặt chẽ, “phòng bệnh hơn chữa bệnh”. Kế toán cần trang bị cho mình kiến thức vững vàng để trở thành lá chắn rủi ro cho doanh nghiệp.

Đừng để những lỗi sai sơ đẳng khiến doanh nghiệp mất hàng trăm triệu tiền phạt. Hãy chủ động nâng cao năng lực ngay hôm nay! Tham gia ngay Khóa học đào tạo pháp luật cho kế toán công ty.

Khóa học giúp bạn:

  • Nhận diện sớm và xử lý triệt để các rủi ro về Hóa đơn, Thuế GTGT, TNDN, TNCN.
  • Cập nhật những thay đổi pháp lý mới nhất năm 2025 – 2026.
  • Kỹ năng giải trình và bảo vệ số liệu khi quyết toán thuế.

Mời bạn xem thêm:

5/5 - (1 bình chọn)