Trong lộ trình quản lý thuế hiện đại 2026, cơ quan thuế không còn kiểm tra dàn trải mà chuyển sang quản lý rủi ro dựa trên dữ liệu số. Việc nhận được quyết định thanh tra thường khiến doanh nghiệp lo lắng, nhưng thực tế, nếu nắm rõ thanh tra thuế thường kiểm tra những nội dung gì, bạn hoàn toàn có thể chủ động rà soát và bảo vệ lợi ích hợp pháp của đơn vị mình.
Phân biệt thanh tra thuế và kiểm tra thuế
Trước khi đi sâu vào nội dung, cần hiểu rõ mức độ của đợt làm việc:
- Kiểm tra thuế: Hoạt động thường xuyên, mang tính nghiệp vụ, có thể thực hiện tại cơ quan thuế hoặc trụ sở người nộp thuế (không quá 5 ngày làm việc).
- Thanh tra thuế: Hoạt động dựa trên dấu hiệu vi phạm hoặc kế hoạch năm, chỉ thực hiện tại trụ sở người nộp thuế với quy mô rộng hơn, thời gian dài hơn (thường 30 – 45 ngày).
6 nội dung cốt lõi thanh tra thuế thường kiểm tra
Hồ sơ pháp lý và tuân thủ đăng ký
- Kiểm tra tính hợp lệ của Giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh/MST.
- Rà soát ngành nghề thực tế kinh doanh so với đăng ký (đặc biệt là các ngành nghề kinh doanh có điều kiện).
- Kiểm tra việc thông báo các tài khoản ngân hàng đang sử dụng.
Nội dung kê khai và quyết toán thuế
Cơ quan thuế sẽ đối chiếu sự khớp đúng giữa:
- Tờ khai thuế hàng tháng/quý với sổ cái kế toán với báo cáo tài chính.
- Tính trung thực của các chỉ tiêu trên tờ khai quyết toán thuế TNDN và TNCN.
- Kiểm tra việc chuyển lỗ có đúng quy định (không quá 5 năm) hay không.
Kiểm tra doanh thu – Điểm nóng thanh tra
Cơ quan thuế đặc biệt chú trọng việc bỏ sót doanh thu qua các dấu hiệu:
- Đối chiếu: Doanh thu trên hóa đơn vs. Doanh thu trên sao kê ngân hàng vs. báo cáo bán hàng (POS/Sàn TMĐT).
- Kiểm tra hàng biếu tặng, tiêu dùng nội bộ: Có lập hóa đơn và kê khai thuế GTGT đầu ra theo quy định không?
- Thời điểm ghi nhận: Có xuất hóa đơn sai thời điểm (đặc biệt là đối với hoạt động xây dựng, dịch vụ thu tiền trước) không?
Kiểm tra chi phí và hóa đơn chứng từ
Đây là phần thường bị loại chi phí nhiều nhất:
- Hóa đơn đầu vào: Kiểm tra tính hợp pháp (hóa đơn từ doanh nghiệp bỏ trốn, giải thể).
- Chi phí không được trừ: Các khoản chi không phục vụ sản xuất kinh doanh, chi vượt định mức (quà tặng, phúc lợi vượt mức 01 tháng lương bình quân).
- Chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt: Rà soát các hóa đơn trên 20 triệu đồng có được chuyển khoản qua ngân hàng hay không.
Nghĩa vụ khấu trừ thuế (TNCN & Nhà thầu)
- Thuế TNCN: Kiểm tra danh sách lương, hợp đồng lao động, chứng từ khấu trừ 10% đối với lao động thời vụ.
- Thuế nhà thầu: Kiểm tra các giao dịch với đối tác nước ngoài (mua phần mềm, quảng cáo Facebook/Google) đã kê khai nộp thuế nhà thầu chưa.
Kiểm tra giao dịch ngân hàng và dòng tiền
Cơ quan thuế có quyền yêu cầu sao kê tất cả tài khoản liên quan.
- Kiểm tra các khoản vay/mượn không lãi suất giữa các cá nhân, tổ chức liên kết.
- Truy tìm các khoản thu tiền hàng nhưng đổ về tài khoản cá nhân của chủ doanh nghiệp/kế toán mà không kê khai.
Thanh tra thuế trong lĩnh vực TMĐT và kinh doanh online
Với sự hỗ trợ của Nghị định 117/2025/NĐ-CP, thanh tra thuế TMĐT hiện nay tập trung vào:
- Đối soát dữ liệu sàn: Khớp doanh thu từ Shopee, TikTok Shop cung cấp với số liệu doanh nghiệp khai báo.
- Kiểm tra Livestream: Rà soát doanh thu dựa trên lượng đơn chốt thực tế và các chiến dịch Mega Sale.
- Tiền COD: Kiểm tra dòng tiền từ đơn vị vận chuyển (GHTK, GHN, Viettel Post) chuyển về cho shop.
Doanh nghiệp cần chuẩn bị gì khi bị thanh tra?
Để buổi thanh tra diễn ra thuận lợi, kế toán cần chuẩn bị “Hệ sinh thái hồ sơ” sạch:
- Sắp xếp chứng từ: Hóa đơn đi kèm hợp đồng, phiếu nhập/xuất kho và chứng từ thanh toán ngân hàng.
- Rà soát sai lệch: Tự đối soát dữ liệu trước khi đoàn thanh tra đến. Nếu phát hiện sai, chủ động kê khai bổ sung để giảm mức phạt.
- Hồ sơ nhân sự: Bảng lương, bảo hiểm xã hội, hồ sơ giảm trừ gia cảnh phải đầy đủ.
Thanh tra thuế không phải là “bắt lỗi” ngẫu nhiên mà là hoạt động đánh giá tính tuân thủ dựa trên quản lý rủi ro. Việc hiểu rõ thanh tra thuế thường kiểm tra những nội dung gì giúp doanh nghiệp minh bạch hóa số liệu ngay từ đầu, hạn chế tối đa số thuế truy thu và tiền phạt.
Bạn đang lo lắng về kỳ quyết toán thuế và thanh tra sắp tới? Hãy tham gia ngay Khóa học đào tạo pháp luật cho kế toán của Pháp chế ICA. Khóa học cung cấp kỹ năng rà soát hồ sơ, kỹ thuật giải trình với đoàn thanh tra và cách tối ưu chi phí hợp lý theo đúng luật. Đăng ký ngay để tự tin bảo vệ sổ sách của doanh nghiệp bạn!
Mời bạn xem thêm:
